En el trayecto de los trenes, desde la cordillera hasta la costa, existen interrelaciones directas con la fauna existente, principalmente en el sector Alto Loa. Uno de los eventos que pudieran suceder, pero que son extremadamente inusuales, es el atropello de especie nativas como guanacos, vicuñas, y alpacas. En el caso de ocurrir, FCAB dispone de un plan de asistencia al animal atropellado, coordinado con SAG y/o CONAF, para su pronto rescate.