Como parte de la operación de los trenes, en su trayecto desde la cordillera hacia la costa, existen interrelaciones directas con la fauna existente (principalmente en el sector Alto Loa), uno de los eventos que pudieran suceder, pero que son extremadamente inusuales considerando que la velocidad de los trenes no sobrepasa los 60 km, es el atropello de especie nativas como: llamas, vicuñas, y alpacas.

En el caso de ocurrir lo mencionado, Grupo FCAB cuenta con un plan que contempla la asistencia al animal atropellado, coordinado con SAG y/o CONAF, para su pronto rescate.